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1. 一、本分公司置總經理一人，由總公司副總經理兼任，綜理本分公司業務，並直接對總公司之總經理負責；另置副總經理1人，由總公司助理副總經理兼任。
2. 二、本分公司置港務長、總工程司、主任秘書、副總工程司各一人，襄助分公司總經理綜理分公司業務，並直接對分公司總經理負責。
3. 三、本分公司設業務處、港務處、棧埠事業處、資訊處、工程處、維護管理處、職業安全衛生處、人事處、政風處、會計處、秘書處，掌理本分公司各項業務；並設臺北港營運處及蘇澳港營運處，負責附屬港之經營及管理。