1860年代臺灣對外國開港通商後，港埠發展日益成長，基隆港為天然良港，其地理位置優越，於1863年正式開港，成為世界交通要衢，經臺灣巡撫劉銘傳擘劃，築鐵路通臺北，疏浚航道及填築內港，並於1886年上奏清廷，委任臺灣首富林維源總辦築港，進行建港規劃，視為基隆港建港元年。日治時期基隆港更被定位為臺灣與日本交通往來的門戶，並於1899至1944年規劃五期的築港工程，後來雖因太平洋戰爭而未完成第五期工程，此築港工程仍奠定了日後基隆港發展的重要基礎。

第二次世界大戰期間，臺灣海運交通受到戰爭波及，不論是港口或船隻皆有損毀，致使海運發展稍有停頓。戰後國民政府來臺，並於1945年11月9日臺灣省政府交通處下設立基隆港務局，首要任務為打撈港內沉船、疏濬航道及復建港區基礎設施。當時港務局業務範圍單純為「港口事務」「航政業務」，而稅關業務則劃歸財政部台北關。因應臺灣航運蓬勃發展，各地貨物透過船舶運送之需求日增，1947年2月1日成立淡水工程處(10月16日改為辦事處)；2月6日成立蘇澳工程處(1948年改辦事處)。1963年9月1日，原隸屬於基隆港務局的花蓮港分局，為配合當地經濟發展及開放為國際港，升格為花蓮港務局。復建工程完畢後，基隆港開始快速發展，包括增建港埠設施、在西岸外港及東岸興建碼頭等。隨著貨櫃航運日益蓬勃，基隆港自1969年起興建第一貨櫃中心，持續改建及增建新貨櫃碼頭，以及開闢港區連接至高速公路的東西岸聯絡道，強化海陸運輸網絡，提升效率。於1984年創下排名世界第七大貨櫃港的輝煌紀錄。

進入1990年代後，除面臨國內外港口激烈競爭外，囿於基隆港區本身腹地有限，緊鄰市區及山區難以擴建，及港內碼頭吃水深度過淺，難以停泊巨型貨櫃輪船等因素，基隆港總運量開始衰退。1999年後，基隆港開放裝卸作業民營化，2002年東8至11碼頭改由民間經營，2009年亦由民間業者開始營運西19至21碼頭，提升裝卸效率，並積極朝向多元化經營，陸續開放港區觀光，結合地方政府及在地產業觀光發展；設立自由貿易港區，利用免稅優勢，提升外銷及轉口廠商競爭力；並成功招攬麗星、公主、皇家加勒比、歌詩達郵輪等業者，發展郵輪母港，2017年獲頒「亞洲最佳郵輪母港」。基隆港在2019年創下全年595艘次、94.6萬旅客人次的高峰紀錄，隔年受疫情影響致旅運量驟降，轉而投資旅客中心更新擴建、推出高額獎勵優惠吸引郵輪業者、搭配交通部觀光署源赴歐美日招商等積極作為，於2023年再度獲頒「特別成就獎」之殊榮，並預計在2025年挑戰超越疫情前高峰紀錄。在港務公司、中央及地方觀光主管機關合作推動下，基隆港迎接更多郵輪品牌、Fly-cruise旅客及國際掛靠旅客，使基隆港成為多元的郵輪旅遊市場，在亞洲郵輪航線上佔有舉足輕重的一席之地。

2012年交通部實施「政企分離」，各港務局公司化，合併成立國營的「臺灣港務股份有限公司」，原基隆港務局則改制為「臺灣港務股份有限公司基隆港務分公司」。雖然體制改變，但公司對基隆港的經營發展決心不變，至今東岸及西岸依然分別有多座貨櫃、散雜貨及客運碼頭，接應著臺灣各式各樣的進出口貨品及川流不息的國內外旅客。未來亦將持續秉持善用及優化各項港埠資源的精神，擘劃基隆港的營運發展。