臺灣光復初期蘇澳灣內僅有漁港兩處，即為南方澳漁港及內埤漁港，漁港碼頭共長2,603 公尺，水深自1.8至2.7 公尺不等，約可停泊大小漁船約1,000 艘，36年9月30日成立「蘇澳辦事處」隸屬基隆港務局，專司漁船檢丈業務。

於民國54年7月中央政府，為適應地方發展及照應蘭陽地區木材加工廠從南洋進口原木需求，規劃南方澳北邊原屬沙灘(後壁港墘-海水浴場)動工興建小型商港，以供國內環島輪停泊之用，整建工程於民國61年6月全部完工，共興建三座淺水碼頭，包括1000噸級碼頭兩座(長150公尺、水深5.0公尺) ，3000噸級碼頭一座(長220公尺、水深5.5公尺)暨雜貨倉庫一棟，並自民國60年初正式開始蘇花線貨輪管理，同時成立「蘇澳港辦事處」隸屬基隆港務局。

民國59年5月21日，行政院正式核准「蘇澳港」為「基隆港」輔助港，60年12月1日在南方澳成立「蘇澳港分局」，辦理船貨進出等業務，並於61年初正式核准3000噸級遠洋貨輪停泊。

民國62年5月26日，當時的行政院長蔣經國巡視「蘇澳港」時，指示把「蘇澳港」擴建為國際港，並設立「蘇澳港工程處」負責擴建工程事宜，民國63年7月1日，擴建工程開始動工，這項工程以移山填海的方式，創造出80萬平方公尺的海埔新生地，工程十分的艱鉅，民國67 年底，第一期工程完工；直到72年6月第二期工程全部完工。「蘇澳港」之擴建工程總共歷時9年，花費了79億8000多萬元經費，終於把「蘇澳港」建設成國際一流的港口，肩負起紓解「基隆港」擁擠船貨、及促進蘭陽地區經濟發展之兩大任務。

民國72年蘇澳商港竣工，小型商港，因地方漁業快速發展，南方澳漁港及內埤漁港泊池嚴重不足，73年基隆港務局同意小型商港船渠連同倉庫，撥交宜蘭縣政府，作為漁業使用，成為南方澳第三漁港。

蘇澳港港埠營運業務型態之初，裝卸倉儲分別由蘇澳港分局及開放公民營兩種方式經營，1至9#碼頭為公共碼頭，由蘇澳港分局經營，佔全港總裝卸量80%，10至13#碼頭為四座散雜貨碼頭由民營承租，佔總裝卸量20%，爾後為提昇港埠作業效率及競爭力，並配合發展臺灣成為亞太營運中心─海運轉運中心計畫，於88年1月1日完成碼頭工人僱用制度合理化及棧埠作業民營化，開啟船舶貨物裝缷承攬業。

為提昇港區營運競爭力，蘇澳港自由貿易港區，於行政院於99年5月6日同意申設，99年9月13日交通部審核通過營運許可，總面積計75.1公頃，其自由港區招商定位以綠能產業、國際物流之加值型物流港兼具觀光及親水性港口，配合宜蘭縣產業發展及連結鄰近龍德、利澤等工業區及宜蘭科學園區，拓展委外加工經營模式並吸引區外廠商進駐蘇澳港自貿港區，106年2月10日蘇澳港自由貿易港區第1至第9號碼頭及其後線倉棧設施面積縮減為57.5公頃，業奉行政院同意備查。

港務局自101年3月1日起應組織改制公司成立國營之「臺灣港務股份有限公司」，原基隆港務局蘇澳港分局，隨臺灣港務公司成立，蘇澳港港埠營運歸屬基隆港務分公司蘇澳港營運處管理。

蘇澳港未來5年(111至115年)發展計畫主要係依循「蘭陽地區貨物進出港」及「觀光遊憩港」之定位為北物流、南觀光發展」。